税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】
法人税

【対象顧客】
法人

【前　　提】
・法人形態：行政書士法人（決算期：5月）
・社員構成：2名（いずれも無限責任社員）
・出資：各500万円（現金出資）、計1,000万円
・利益状況：設立以来、赤字（利益分配なし）
・定款抜粋
　・除名に関する計算：
　　除名の訴えを提起した時点の当法人の財産状況による。
　・除名以外の脱退：
　　脱退時の財産状況により持分を払い戻す。
　　※債務超過時の払戻し／補填に関する特段の定めはなし。
　　　利益分配割合は出資額比例。

・2024年2月：社員1名が脱退。脱退時点の純資産は▲1,200万円
　（債務超過_1名当り600万円）。

・法人として持分欠損の補填（不足額の負担）を請求したが、
　当該社員は拒絶。

・法人設立経緯：当法人は、当該脱退社員の個人事業を
　法人成りしたもの。

・請求の進捗：弁護士を通じて請求中。
　訴訟・調停は行っていない。

・2025年10月に当事者間で下記の合意
　（裁判・調停に基づくものではない）に至る。
① 持分補填600万円は、後記②③④と相殺し、
　最終支払額は0円とする。
② 退職金（脱退慰労金）100万円
　（算式：最終報酬月額×勤続年数）。
③ 法人成りの際の個人事業からの引継ぎ対価の
　営業権（のれん）400万円
　（算式：社員の年間給与額×30％＋顧客の年間報酬×30％）。
④ 債権の一部免除100万円。

【質　　問】
①持分補填の会計処理
持分補填600万円は資本等取引として、
利益剰余金の直接増加（損金及び益金に影響なし）
とする取扱いで問題ないでしょうか。

②退職金の損金算入時期
脱退（退職）時期は2024年2月ですが、
2025年10月の臨時社員総会決議に基づき、
当該退職金100万円を2025年10月の損金に算入することは可能でしょうか。

それとも寄付金となりますでしょうか。

③営業権の資産計上と償却
2025年10月よりの無形固定資産の営業権として
5年償却開始で差し支えないでしょうか。
なお、本来は法人設立時の計上が妥当かと存じますが、
償却費を未計上であったため、当期より償却を開始する）

④一部免除100万円は法基通9-6-2より貸倒損失として
損金算入でよろしいでしょうか。
法人税基本通達9-6-2の逐条解説_債務者側の事情のみならず、
債権者側の経営的損失の事情による考え方により、
免除理由は、当該紛争の長期化に伴う風評被害
（脱退社員とは同一市区町村内のため双方の
共通顧問先・関連士業への影響がある）、
従業員への嫌がらせ・引抜リスク等、債権者側の経営上の損失回避の観点です。
又は、当該免除はもとは出資持分のため、貸倒ではなく、
資本等取引として利益剰余金の直接減少で処理すべきでしょうか。

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】
無限責任社員の債務超過の持分
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/sozoku/05/03.htm

退社時に債務超過であった合資会社における無限責任社員の責任
http://lex.lawlibrary.jp/commentary/pdf/z18817009-00-051311885_tkc.pdf

税理士法人の出資の評価(答申)について
https://www.tokyozeirishikai.or.jp/news/uploads/994c31fe75c6dc8546f9c969728166f75d801b08.pdf