税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】
法人税

【対象顧客】
法人

【前　　提】
・法人(非上場)
・3月決算
・2025/6の定時株主総会で承認された確定決算に基づき税務申告済
・現在進行期において、前期2025/3期の売上高計上漏れ及び売上原価計上漏れが判明
・上記計上漏れが判明したため、2025/3期決算書を作成し直し、臨時株主総会で承認

【質　　問】
※加算(修正)と減算(更正の請求)とで取り扱いが異なるかと思い、質問を分けています。

添付画像を参照ください。(数字は簡素化しています)

Case1は定時株主総会で承認された決算書に基づく当初申告です。

Case2は売上高の計上漏れだけを取り込んだ"やり直し決算書"を臨時株主総会で承認し、
それを確定決算として申告書を作った場合(①)、及び修正申告書を作った場合(②)です。

Case3は売上原価の計上漏れだけ取り込んだ"やり直し決算書"を臨時株主総会で承認し、
それを確定決算として申告書を作った場合(③)、及び更正の請求書を作った場合(④)です。

質問は以下のとおりです(添付画像にも記載しています)。

Case2 において、
① 臨時株主総会で承認された確定決算書に基づき、申告書を出し直すのか？
つまりは、別表4「当期利益」を14,000でスタートさせる申告書になるのか？

それとも

② あくまでも定時株主総会で承認された確定決算書につながる当初申告をベースとし、

増差分について修正申告書を作成するのか？
つまりは、別表4「当期利益」は当初確定申告書で記載した7,000のままで、
売上高計上漏れ10,000を加算させる修正申告書になるのか？
この方法が正しい場合、臨時株主総会で承認された確定決算書のPL
「当期純利益」14,000と修正申告書の別表4「当期利益」7,000は繋がらないが、
その点は問題はないのか？

Case3において、
③ 臨時株主総会で承認された確定決算書に基づき、申告書を出し直すのか？
つまりは、別表4「当期利益」を4,200でスタートさせる申告書になるのか？

それとも、

④ あくまでも定時株主総会で承認された確定決算書につながる当初申告をベースとし、
増差分を反映させた更正の請求書を作成するのか？
つまりは、別表4「当期利益」は当初確定申告書で記載した7,000のままで、
売上原価計上漏れ4,000を減算させた結果が反映された更正の請求書になるのか？
この④が正しい場合、臨時株主総会で承認された確定決算書のPL
「当期純利益」4,200と更正の請求書の基となる別表4
「当期利益」7,000は繋がらないが、その点は問題はないのか？

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】
なし

【添付資料】
https://kachiel.jp/sharefile/sougosoudan/251014_1.jpg