[soudan 11316] 法人税寄付金税務、NPO法人の税務申告義務、課税事業者となる時期
2025年6月02日

税務相互相談会の皆さん

下記について教えて下さい。


【税  目】

法人税(中川輝美税理士),消費税(金井恵美子税理士),公益法人(浦田泉税理士)


【対象顧客】

法人


【前  提】

社会福祉法人Aは、NPO法人Bが所有する借地権付き建物を賃借して、

障害者のグループホームを運営しています。


(前提条件)

‘(1)NPO法人Bの有する当該借地権付き建物の概要は以下の通りです。

直近の路線価75000円、地積500㎡ 借地権割合 60%

NPO法人の借地権の帳簿価格は2100万円、

NPO法人の建物の未償却残高 1800万円

建物の直近の固定資産税評価額 910万円


‘(2)NPO法人は、当該グループホームの入居者である

障害者の親族から当該建物の建設費用を借り入れており、

現時点の借入残高は3500万円です。


(3)NPO法人Bは、社会福祉法人Aに当該借地権付き建物を

時価3840万円(内訳、借地権2540万円、

中古建物時価(固定資産税評価額÷0.7で算出)1300万円)で譲渡する予定です。

従ってNPO法人は借地権付き建物の譲渡により60万円の譲渡損失が計上されます。


‘(4)譲渡代金3840万円のうち、社会福祉法人は、

NPO法人の借入金3500万円を債務引受し、

残額340万円は、NPO法人から社会福祉法人に寄付してもらう方法で購入することを考えています。


‘(5)NPO法人は法基通15-1-28に基づく実費弁償の受託事務に係る確認を受けており

例年税務申告を行っていません。

上記の譲渡を行った年度は、税務上の繰越損失60万円が生じると考えます。


【質  問】

寄付金の損金不算入の確認とNPO法人の申告義務の有無

その他についてご教授ください。


① NPO法人の課税所得=-60万円(譲渡損失の額)となるため、

寄付金340万円は全額損金不算入になると理解しています。

この理解で正しいでしょうか。


②借地権付き建物の譲渡取引を行う年度は、

実費弁償の受託事務の確認を受けている期間中で課税所得が生じていない場合でも、

税務申告義務および均等割の納付義務はあるのでしょうか。


③売買取引年度の翌年度に改めて実費弁償の受託事務に係る確認を受ける必要があるのでしょうか。


④借地権付き建物の建物部分の譲渡価額は少なくとも1300万円で1000万円を越える課税売上となるため、

当年度を基準期間として2年後にNPO法人は消費税課税事業者になるという理解で正しいでしょうか。

(6か月間の給与は1000万円未満であることが明らかなので、

特定期間の要件に基づき課税事業者になることはないと考えます。)


【参考条文・通達・URL等】

法人税法37条、法人税法施行令73条、77条の2、

法基通15-1-28



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